Можно kи через суд освободить участок от чужого строения, и требовать отступ 3 метра от строения до забора?

Добрый день! Да, можно. на основании ст 304 ГК РФ 

Собственник может требовать устранения всяких нарушений его права, хотя бы эти нарушения и не были соединены с лишением владения.

Надо будет доказать в чем именно нарушены ваши права, как правило, в таких спорах обязательно проводится землеустроительная и строительно-техническая экспертиза 

ст 79 ГПК РФ

 При возникновении в процессе рассмотрения дела вопросов, требующих специальных знаний в различных областях науки, техники, искусства, ремесла, суд назначает экспертизу. Проведение экспертизы может быть поручено судебно-экспертному учреждению, конкретному эксперту или нескольким экспертам.