Здравствуйте! По году регистрации вашей ООО, у Вас должен быть учредительный договор который является одним из учредительных документов ООО. Видимо Вы в процессе действия ООО не вносили изменения в учредительные документы ООО. Поскольку ели один учредитель умер, наследники вступали в наследство на долю в ООО? Могу предположить, что устав Вы не приводили в соответствие на основании федеральным законом от 30.12.2008г. № 312-ФЗ.
Если собственником недвижимости которую Вы продаете является ООО, то действия нотариуса по запросу учредительных документов — правомерны, поскольку они нужны для оформления договора купли-продажи и подготовке к сделки. Вероятнее всего Вам придется приводить в соответствие с действующим законодательством документы ООО, а затем осуществлять сделку по купли-продажи.