После перевода увидел, что банк Тинькофф, с карты которого я пополнял счет, снял комиссию 2% второй транзакцией

Здравствуйте, Михаил 

Вы указываете, что 

Пополнял счет через приложение ВТБ. Написано что бесплатно с карт любых банков

 это означает, что банк ВТБ не берет комиссию за пополнение, но он не может определять правила других банков и гарантировать, что они не снимут комиссию за перевод денег с их карт. 

Тинькофф сообщает, что данные операции, приравниваются к снятию наличных

 если это определено в правилах банковского обслуживания банка Тинькофф, то это законно.