Муж не принимал никакого абсолютно участия в содержании, ремонте квартиры, оплаты по жкх.Сейчас он по сути

Здравствуйте, разведитесь с мужем. 

 Так как Ваш муж осужден на срок более 3-х лет, прекращение брака может происходить в упрощенном порядке. Согласие супруга для этого не нужно.

Согласно, п. 2 ст. 19 СК РФ устанавливает, что, если муж осужден за преступление на срок свыше 3-х лет лишения свободы, брачный союз расторгается в отделе ЗАГСа по заявлению жены.

Для упрощенного порядка развода с осужденным требуются следующие условия:

обвинительный приговор суда за уголовное преступление, который вступил в законную силу;
срок наказания осужденного — не менее 3-х лет.

Так, что разведитесь через ЗАГС, а долю можете не выделять.

Уважаемая Юлия, не совсем поняла сути проблемы, из-за которой вы задаете вопрос. Квартира в вашей собственности, ипотека погашена с помощью МК, с супругом второго ребенка разведены. 

Обычно обязательства по распределению долей в квартире необходимо выполнить в течение 6 месяцев после погашения ипотеки, когда используется МК на жилье. Вы ее погасили в 2017 году — следовательно, примерно до конца 2017-середины 2018 вам нужно было выполнить обязательство и распределить доли между  собой и детьми. И мужем, если он был на тот момент прописан в квартире и вы не были разведены.

Но. Если вы на тот момент не выполнили эти обязательства, а сейчас уже разведены, то сейчас вы можете не учитывать бывшего мужа при распределении долей. Поэтому я не поняла — вам отказывают распределять доли только на вас и детей, что ли?

Прописан ли бывший супруг в квартире? Если прописан, то обращайтесь  в суд и выписывайте его в судебном порядке. После этого вам точно не должны отказать.

Если не прописан и в официальном разводе, то я не понимаю оснований для отказа в регистрации соглашения о долях. Нужно смотреть документы от Росреестра и анализировать причины отказа.

Юлия, здравствуйте! 

При выделении долей по маткапиталу (мск) надо учитывать следующее: состав семьи на момент использования мск и состав семьи на момент выделения долей.

Квартира была вами приобретена до брака, а мск был использован уже в браке, поэтому ваш муж имеет право на обязательную долю по мск, потому что он является официальным мужем и отцом вашего ребенка.

В 2017 году оставшуюся часть ипотеки, в размере 369 т.р. я погасила мат.капиталом.В 2016 году, ещё до рождения ребёнка, мужа посадили на 10 лет

 Вот если бы вы сразу развелись с ним в 2016 году и только после этого использовали мск он никаких бы прав на долю не имел, потому что материнский капитал -это средство государтсвенной поддержки, после развода бывший супруг никаких прав на него не имеет.

Муж не принимал никакого абсолютно участия в содержании, ремонте квартиры, оплаты по жкх

 Это к делу о его обязательной доли в квартире по маткапиталу отношения не имеет. 

По 256-ФЗ вы как держатель сертификата обязаны выделить доли по мск супругу, своим детям соразмерно сумме использованного мск.

Даже если вы сейчас с ним разведетесь, хотя непонятно почему вы с 2016 года до сих пор этого не сделали, ему положена обязательная доля в квартире соразмерно сумме маткапитала.

Отказаться от обязательной доли нельзя, это противоречит закону. Можно ее принять и тут же распорядиться, например, подарить ребенку. Этот вариант ваш муж не приемлет.

Сейчас он по сути чужой мне человек, ребёнка даже не разу не видел, а я ему должна что то выделить в своей квартире

 Квартира ваша только в части собственных и ипотечных средств, в части средств маткапитала-она принадлежит всем членам семьи.

Алименты на ребенка никто не отменял. Вы даже на них не подали, хотя могли бы давно уже это сделать.

С уважением, Алсу Нафисовна.