Оценить договор поставки (особенно п.10 и 11) и протокол разногласий (что еще добавить, исправить)

В целом договор составлен грамотно.

На что обращу внимание, так это на не равномерное распределение ответственности по договору.

В частности, в договоре прописано, что 

Если срок поставки нарушен более, чем на 10 (Десять) календарных дней, то Покупатель в одностороннем порядке вправе отказаться от заказанного товара, а Поставщик обязуется вернуть в течение 10 (Десяти) календарных дней всю сумму предоплаты с начислением на нее неустойки в размере, указанном в п. 4.3 настоящего Договора.

Однако в равной мере можно включить условие ответственности для Покупателя не исполнившего обязанность по оплате, учитывая при этом требования ст. 486 ГК РФ

4. Если покупатель в нарушение договора купли-продажи отказывается принять и оплатить товар, продавец вправе по своему выбору потребовать оплаты товара либо отказаться от исполнения договора.

Предусмотрев право поставщика на отказ от договора с условием возврата поставленного товара и распределением расходов по его доставке. 

Далее п. 4.5 В равной степени на Покупателя можно возложить ответственность за несвоевременное подписание документов с его стороны, а если предполагается их подписание путем обмена — то за нарушение сроков направления подписанных экземпляров договора с учетом требований п. 8.3 договора.

Относительно п. 10 и 11 договора то с позиций Поставщика, обращаю Ваше внимание на то, что стороны в силу ст. 421 ГК РФ могут договориться о включении в него подобного рода положений.

Однако, здесь усматриваются признаки отдельных злоупотреблений, говоря о которых, можно сделать вывод о том, что договор преследует своей целью не нормальное развитие хозяйственных взаимоотношений субъектов, а снижение расходов одного из них при оплате налогов.

И в этой связи стоит исключить из содержания договора п.п. 10.1.1 — 10.1.4, сведя возможность компенсации имущественных потерь только в отношении НДС, при условии, что все имущественные потери Покупателя, которые возникнут в случае неустранения в согласованный Сторонами срок признаков несформированного по цепочке хозяйственных операций с участием Поставщика.

Собственно говоря Вы это и сделали в протоколе разногласий.