Это должен делать официальный работодатель или мне лично подавать 3-НДФЛ как частному лицу?

Здравствуйте, Сергей! По правилам ст.228, 229 Налогового кодекса РФ с тех доходов, которые Вам выплачивает работодатель, удержание налога и его перечисление в бюджет осуществляется работодателем. А по тем доходам, которые Вы получаете от продажи программ, Вам придется отчитаться самостоятельно (при условии, если налог с этого дохода не был удержан покупателем).