Или требовать расторжения договора (который по факту уже закрыт актом) и требовать вернуть уплаченную им сумму?

Согласен, странная. Это уже вопрос к непосредственным менеджерам заказчика, которые подписали акт, не проверив фактическое исполнение договора контрагентом. Речь шла о регулярном инспекционном контроле для сертификации продукции, сумма была небольшая, и хотя сведения о его прохождении не являются открытыми, можно было запросить скриншот из системы сертификации или что-нибудь подобное, чтобы подтвердить загрузку в ФГИС сведений о прохождении такого контроля… Вот сейчас ситуация и есть патовая. С одной стороны, договор фактически не был исполнен исполнителем, с другой, есть акт приемки услуг.

Боюсь что от Исполнителя вы ничего не добьетесь. Вы в суде приведете свои аргументы, он свои и самое главное достанет акт, где-то тут с большой вероятностью все для заказчика и закончится плюс возмещение судебных расходов. Понятно, что услуги должны быть «фактически (!)» оказаны и если они не оказаны — акт не является их безусловным заменителем. Однако доказывать обратное будет сложно, долго и скорее всего дорого. Это не значит, что этого не нужно делать — разумеется, но ситуация действительно странная.

Может быть параллельно подумать — а чего конкретно хотите достичь? Есть какие-то убытки (их можно попробовать взыскать с тех, кто подписал этот акт например зная что услуга не оказана). Есть какие-то обязательства перед третьими лицами? Есть просто необходимость суда или что конкретно и в чем цель конечная.