Насколько я понимаю, какая-то часть будет 13%, какая-то 15%?

Добрый день. Исхожу из того, что акции проданы через иностранного брокера, а Вы налоговый резидент РФ

Да именно так, как Вы написали  и будет. В соответствии со статьей 224 НК доход с суммы до 5 млн.руб. облагается по ставке 13% суммы превышающие 5 млн.руб облагаются по ставке 15 %

В Вашем случае общая сумма налога составит 650 000 + 15% c 1 000 000( суммы превышающей 5 млн.руб.) и составит в общей сумме 800 000 рублей( варианты с подсчетом налогооблагаемой базы, c наличием  соглашений о двойном налогообложении, если налог был уже удержан за рубежом не рассматриваю, поскольку это за рамками вопроса).

Все остальные  моменты могут быть детально разобраны в рамках отдельной полноценной услуги в чате( кнопочка рядом с фото юриста, доступна при входе на сайт через браузер)

С уважением Евгений Беляев

Приветствую Вас, Валентин!
 

Как рассчитать сумму налога, который нужно указать в 3-НДФЛ?

Федеральный закон от 23.11.2020 г. № 372-ФЗ внёс изменения ст. 224 НК РФ в части налогообложения доходов физических лиц, превышающих 5 миллионов рублей за налоговый период

Налоговая ставка устанавливается в следующих размерах:
13 процентов - если сумма налоговых баз, указанных в пункте 21 статьи 210 настоящего Кодекса, за налоговый период составляет менее 5 миллионов рублей или равна 5 миллионам рублей;
650 тысяч рублей и 15 процентов суммы налоговых баз, указанных в пункте 21 статьи 210 настоящего Кодекса, превышающей 5 миллионов рублей, - если сумма налоговых баз, указанных в пункте 21 статьи 210 настоящего Кодекса, за налоговый период составляет более 5 миллионов рублей.

 
http://www.kremlin.ru/acts/bank/46118 http://www.consultant.ru/document/cons_doc_LAW_28165/3e4bbd6dd9fb5dd4e9394f447653506e1d6fa3a9/

Насколько я понимаю, какая-то часть будет 13%, какая-то 15%?

 
Исходя из правовых норм данной статьи и учитывая,  Вы продали акции на сумму 6 мл. рублей. Пять миллионов из них будут облагаться по ставке 13 процентов, а оставшийся миллион по ставке 15 процентов.

Итоговая сумма налога может составить 800 000 рублей.

Однако, необходимо учитывать, что налоговой базой является разница между покупной и продажной ценой, а также то обстоятельство, что ее можно уменьшить на сумму уплаченных Вами комиссий.
 
Если Вам необходима расширенная консультация либо помощь в составлении письменных документов, можете обратиться в мой чат. По правилам сайта услуги в чате оказываются на платной основе.
 
Желаю Удачи!