Каким образом можно продать или передать товар из одной аптеки в другую?

Здравствуйте, Роман.

Формально, при реализации лекарственных средств из одной аптечной организации в другую, фактически, произойдет нарушение действующего законодательства, а именно, осуществление оптовой торговли лекарственными средствами без соответствующей лицензии. Возможно, эта разовая сделка привлечет внимание, а возможно и нет, предугадать сложно. Передавать безвозмездно или на комиссию — более рискованно, чем продать по закупочной цене (так хотя бы можно будет просить о снисхождении в случае привлечения к ответственности за нарушение лицензионных правил, типа не было систематичности и не было прибыли). 

Но в любом случае риски есть.