Какой вариант юридически верный, либо есть другие пути решения вопроса

Здравствуйте, Татьяна.

По общему правилу в силу абзаца 2 статьи 10 Федерального закона «О некоммерческих организациях» от 12.01.1996 года N 7-ФЗ, имущество, переданное автономной некоммерческой организации ее учредителями (учредителем), является собственностью автономной некоммерческой организации. Учредители автономной некоммерческой организации не сохраняют прав на имущество, переданное ими в собственность этой организации. 

Чтобы сказать 

Какой вариант юридически верный

 надо видеть устав и документы, на основании которых 

Учредитель вносил имущественные займы на нужды фирмы.

 Вы уверены, что это были именно ЗАЙМЫ? Если да, то откуда вопрос 

Как правильно можно вывести обратно денежные средства с прибыли организации

 Заемные деньги должны быть возвращены займодавцу — это сущность договора займа (ст. 807 ГК РФ):

1. По договору займа одна сторона (займодавец) передает или обязуется передать в собственность другой стороне (заемщику) деньги, вещи, определенные родовыми признаками, или ценные бумаги, а заемщик обязуется возвратить займодавцу такую же сумму денег (сумму займа) или равное количество полученных им вещей того же рода и качества либо таких же ценных бумаг.

Поскольку опция «изучение документов» Вами не заказывалась и не оплачивалась (то есть не предполагается анализа документов), ничего более конкретного сказать нельзя, хотя бы не получив уточнения, как именно была оформлена по бух. учету и налоговому учету передача денег, которую Вы называете 

имущественные займы