Здравствуйте.
Под «как опровергнуть это в суде» Вы имеете в виду необходимость привлечения обоих лиц, и должностного, и юридического?
В соответствии с частью 3 статьи 2.1. КоАП,
Назначение административного наказания юридическому лицу не освобождает от административной ответственности за данное правонарушение виновное физическое лицо, равно как и привлечение к административной или уголовной ответственности физического лица не освобождает от административной ответственности за данное правонарушение юридическое лицо.
Верховный Суд в Постановлении Пленума от 24 марта 2005 г. N 5 указал, что
В соответствии с частью 3 статьи 2.1 КоАП РФ в случае совершения юридическим лицом административного правонарушения и выявления конкретных должностных лиц, по вине которых оно было совершено (статья 2.4 КоАП РФ), допускается привлечение к административной ответственности по одной и той же норме как юридического лица, так и указанных должностных лиц.
Привлечение к уголовной ответственности должностного лица не может в силу части 3 статьи 2.1 КоАП РФ служить основанием для освобождения юридического лица от административной ответственности.
То есть формально возможно привлечение обоих лиц, к сожалению. Иногда появлялись проект, в том числе за авторством Минюста, предлагающие отменить возможность одновременного привлечения к ответственности, но до сих пор они не приняты.
Поэтому доказать что-то в суде будет сложно, нужно пытаться обосновать, что само по себе наказание обеих сторон не является необходимым, не соответствует принципу равенства (статья 1.4. КоАП), что вина в данном случае наличествовала от Вас только как от должностного лица.