Здравствуйте.Построил дом в деревне в июне 2016 продал в январе 2021, а в июне 2021 купил квартиру в городе дороже

Если вы многодетная семья, то есть воспитываете двух и более детей до 18 лет (если учатся — до 24 лет), можете воспользоваться новым законом, который освобождает семьи с детьми от налога при продаже недвижимости независимо от срока владения (см. часть 2.1 статьи 217.1 НК РФ)

Под льготу вы подпадаете, так как кадастровая стоимость новой квартиры больше стоимости дома.

общая площадь приобретенного жилого помещения (общая площадь жилого помещения, указанная в полностью оплаченном договоре участия в долевом строительстве (договоре инвестирования долевого строительства или другом договоре, связанном с долевым строительством), договоре об участии в жилищно-строительном кооперативе) или его кадастровая стоимость, определяемые с учетом совокупного размера долей налогоплательщика и членов его семьи, указанных в абзаце втором настоящего пункта, превышает соответственно общую площадь в проданном жилом помещении или его кадастровую стоимость, определяемые с учетом совокупного размера долей налогоплательщика и членов его семьи, указанных в абзаце втором настоящего пункта;

Другого имущества, как я понимаю, у вас нет.

Вам следует прийти в налоговую инспекцию либо направить им письменное пояснение, в котором все моменты следует изложить: что вы семья с детьми, про кадастровую стоимость и про отсутствие другого жилья. Приложите копии свидетельств о рождении + выписки из реестра недвижимости (чтобы понимать, что у вас больше ничего нет).