Здравствуйте.
Если для Вас важно предоставить именно неисключительное право, Вам все же придется заключить хотя бы договор. Его нерегистрация в Роспатенте не сделает его полностью недействительным.
В соответствии со статьей 1236 ГК РФ,
Лицензионный договор может предусматривать:
1) предоставление лицензиату права использования результата интеллектуальной деятельности или средства индивидуализации с сохранением за лицензиаром права выдачи лицензий другим лицам (простая (неисключительная) лицензия);
предоставление лицензиату права использования результата интеллектуальной деятельности или средства индивидуализации без сохранения за лицензиаром права выдачи лицензий другим лицам (исключительная лицензия).
Повторюсь, если важно именно неисключительное право (и здесь нужно указать, что это целесообразно, если вдруг второе юридическое лицо «поссорится» с первым), нужен как минимум договор, поскольку в нем нужно подробно обозначать, какие правомочия наличествуют у второго лица.
В соответствии со статьей 1490 ГК,
1. Договор об отчуждении исключительного права на товарный знак, лицензионный договор, а также другие договоры, посредством которых осуществляется распоряжение исключительным правом на товарный знак, должны быть заключены в письменной форме. Несоблюдение письменной формы влечет недействительность договора.
2. Отчуждение и залог исключительного права на товарный знак, предоставление по договору права его использования, переход исключительного права на товарный знак без договора подлежат государственной регистрации в порядке, установленном статьей 1232 настоящего Кодекса.
Далее, предоставление права использования товарного знака по лицензионному договору подлежит государственной регистрации (абзац второй п. 2 ст. 1235 ГК РФ). При несоблюдении этого требования предоставление права использования считается несостоявшимся (п.п. 1, 2, 6 ст. 1232, п. 2 ст. 1490 ГК РФ).
То есть, подытоживая, для неисключительного права самое важное — наличие договоренности об использовании. Отсутствие регистрации не делает договор недействительным, а только переход права — несостоявшимся. Однако гражданско-правовые санкции будут возможны только если компания А обратится в суд. Поэтому здесь особого риска нет.
Ещё как вариант — распространить действие лицензионного договора на прошлые периоды:
Статья 425 ГК РФ Действие договора
Косвенно такую возможность признавал Минфин :
Письмо Минфина РФ от 03.10.2006 N 03-03-04/1/683
Хотя Минфин, конечно, с несколько иной точки зрения на это смотрел.