Я должна выплатить сумму за обучение или только стипендию, которую мне начисляли?

Добрый день. 

При определении размеров выплат, нужно исходит из даты заключения Вами договора, поскольку в этих целях применяется законодательство, действующее на дату его заключения.

У Вас  как понимаю договор был заключен после 1 января 2019 г., поскольку в представленном фрагменте есть ссылка на постановление Постановление Правительства РФ от 21.03.2019 N 302
«О целевом обучении по образовательным программам среднего профессионального и высшего образования и признании утратившим силу постановления Правительства Российской Федерации от 27 ноября 2013 г. N 1076»

В таком случае, по смыслу ст. 56 ФЗ «ОБ образовании в РФ», с Вас в случае отчисления подлежат удержанию меры социальной поддержки, предоставляемые по договору.

6. В случае неисполнения гражданином, заключившим договор о целевом обучении, предусмотренных договором о целевом обучении обязательств по освоению образовательной программы и (или) осуществлению трудовой деятельности в течение трех летон обязан возместить заказчику целевого обучения расходы, связанные с предоставлением мер поддержки.

Их перечень в обязательном порядке должен быть указан в самом договоре и исходить тут нужно из суммы оплаченных мер — это может быть как раз и упомянутая Вами стипендия.

Но этим выплаты не ограничиваются.

В том случае, если Ваш договор заключен после 1 января 2019 г. то в силу ст. 71.1 ФЗ «ОБ образовании в РФ», Вами также выплачивается и штраф

6. В случаях неисполнения заказчиком целевого обучения обязательства по трудоустройству гражданина, принятого на целевое обучение в соответствии с частью 1 настоящей статьи, а гражданином обязательства по осуществлению трудовой деятельности в течение трех лет наряду с ответственностью, предусмотренной частями 5 и 6 статьи 56 настоящего Федерального закона, заказчик целевого обучения или гражданин, принятый на целевое обучение в соответствии с частью 1 настоящей статьи, выплачивает организации, осуществляющей образовательную деятельность, в которой обучался гражданин, штраф в размере расходов федерального бюджета, бюджета субъекта Российской Федерации или местного бюджета, осуществленных на обучение гражданина, который направляется на финансовое обеспечение образовательной деятельности по образовательным программам высшего образования. 

Указанное требование прописано и в постановлении Постановление Правительства РФ от 21.03.2019 N 302
«О целевом обучении по образовательным программам среднего профессионального и высшего образования и признании утратившим силу постановления Правительства Российской Федерации от 27 ноября 2013 г. N 1076»

Им же указано, что

58. Размер штрафа определяется получателем штрафа в соответствии со следующими условиями:
если гражданин не исполнил обязательства по осуществлению трудовой деятельностив связи с незавершением освоения образовательной программы на условиях договора о целевом обучении, размер штрафа определяется в соответствии с нормативными затратами пропорционально доле, которую составляет период фактического обучения по образовательной программе (дней) от срока обучения по образовательной программе, установленного федеральным государственным образовательным стандартом (с учетом формы обучения и иных условий, установленных федеральным государственным образовательным стандартом).

Таким образом, Вы  при отчислении дополнительно должны оплатить штраф в размере понесенных расходов на Ваше обучение с момента поступления на обучение по дату отчисления.