Есть для него налог с продажи (вроде 17%), если он не прожил в этой квартире 3-5 лет?

Добрый день. Рамиля, отвечу на ваш вопрос по порядку. 

1. В какой инстанции оформить сделку обмена жилья (обмен доли частного дома сына на квартиру матери)? 

Если вы про орган государственной власти, который осуществляет регистрацию права собственности на объекты недвижимого имущества, то это Росреестр.

Правда, учитывайте положения п.1.1 ст. 42 Федерального закона «О государственной регистрации недвижимости», согласно которому сделки по отчуждению долей в объекте недвижимости требуют обязательного нотариального удостоверения. 

Поскольку договор мены будет удостоверяться нотариусом, то нотариус обязан самостоятельно направить заявление и документы в Росреестр для регистрации права собственности в силу ст. 55 «Основ законодательства Российской Федерации о нотариате». 

Кроме того, перед заключение договора мены, продавцу доли (не удивляйтесь, в договоре мены так называются стороны) необходимо известить об этом других сособственников дома в силу ст. 250 Гражданского кодекса РФ.

Это требование закона распространяется, в том числе и при заключении договора мены. 

2. Договор составлять самим или через нотариуса или еще как?

Формально можете договор составить самостоятельно, но на практике нотариусы отказываются удостоверять документы, которые составили клиенты, поэтому рекомендую вам все-таки обратиться к нотариусу. 

3. Потом с договором идти в инстанцию, которая называется Росреестр?

Нотариус направляет заявление и документы в Росреестр самостоятельно. 

4. Сколько по закону нужно времени на то, чтобы вступить в право владения новым (т.е. обмениваемым) жильем? 

Так как сделка будет удостоверена нотариусом, то — три рабочих дня с даты приема или поступления в орган регистрации прав заявления на осуществление государственной регистрации прав в силу п.п. 9 п.1 ст.16 Федерального закона «О государственной регистрации недвижимости». 

5. Сможет ли сын сразу после заключения договора мены продать квартиру?

Сможет, но не после заключения договора мены, а после регистрации права собственности на квартиру. 

6. Есть для него налог с продажи (вроде 17%), если он не прожил в этой квартире 3-5 лет?

Да, есть, так как квартира находилась в собственности меньше минимального предельного срока владения, необходимого для освобождения от уплаты налога.

Более подробно нюансы налогообложения и алгоритм проведения сделки могут быть рассмотрены в рамках отдельной консультации юриста в чате (вход в чат — кнопка рядом с фотографией юриста), так как в рамках бесплатной консультации невозможно предоставить всю информацию.