Если я все же уеду за границу и вернусь, могу ли я попасть под эту статью?

Да, есть запись в листе где я оформляю согласование о выезде за границу, с указанием даты последнего ознакомления со сведениями составляющими государственную тайну (в этом году). Но дело в том что это не сведения «совершенно секретно» или «особой важности» (которые опять же можно получить только со 2й и 1й формой допуска). С данными сведениями у нас каждые пол года люди ознакамливаются для того чтобы получать надбавку за секретность.

Смотрите в настоящее время, ограничения на выезд за пределы РФ определены в ст. 15 ФЗ  от 15.08.1996 N 114-ФЗ «О порядке выезда из Российской Федерации и въезда в Российскую Федерацию»

в силу которой

Право гражданина Российской Федерации на выезд из Российской Федерации может быть временно ограничено в случаях, если он:
1) при допуске к сведениям особой важности или совершенно секретным сведениям, отнесенным к государственной тайне в соответствии с законом Российской Федерации о государственной тайне, заключил трудовой договор (контракт), предполагающий временное ограничение права на выезд из Российской Федерации, при условии, что срок ограничения не может превышать пять лет со дня последнего ознакомления лица со сведениями особой важности или совершенно секретными сведениями, — до истечения срока ограничения, установленного трудовым договором (контрактом) или в соответствии с настоящим Федеральным законом.

Таким образом, выезд ограничивается на пять лет с даты последнего ознакомления с грифом «совершенно секретно».

В Вашем случае с третьей формой допуска, такого рода ограничения не предусмотрены.

Однако, Вы обязаны уведомить руководство учебного заведения о том, что оформили транзитную визу с указанием в подаваемом рапорте государств, через которые будет осуществляться перелет, а также государства Вашего прибытия и получения согласования руководства.

Это предопределено в силу требований пп. 19 п. 24 Инструкции  по обеспечению режима секретности в Российской Федерации, утвержденной постановлением Правительства Российской Федерации от 5 января 2004 г. N 3-1, а также приказа от 12 сентября 2013 г. N 705дсп.

Законность такого уведомления при наличии третьей формы допуска и получения согласования, как обязательного условия выезда подтверждена и Решением Верховного Суда РФ от 04.06.2019 N АКПИ19-173, в котором отмечено, что 

Постановлением Правительства Российской Федерации от 5 января 2004 г. N 3-1 утверждена Инструкция по обеспечению режима секретности в Российской Федерации (далее — Инструкция), подпункт 19 пункта 24 которой возлагает на работников, допущенных к сведениям, составляющим государственную тайну (по любой форме), обязанность согласовывать с руководителем, принявшим решение о допуске работника к государственной тайне, выезд за границу.
Вступившим в законную силу решением Верховного Суда Российской Федерации от 3 октября 2012 г. по делу N АКПИ12-1137 указанное положение названной инструкции признано не противоречащим федеральному законодательству. Суд в решении указал, что обязанность согласования выезда за границу лиц, имеющих допуск к сведениям, составляющим государственную тайну, независимо от формы допуска и от наличия в заключенном контракте условия об ограничении выезда за границу Российской Федерации с руководителем, принявшим решение о допуске работника к государственной тайне, не является ограничением права на выезд, которое законодатель связывает с осведомленностью лица о сведениях определенной степени секретности и заключением трудового договора (контракта), предполагающего временное ограничение права на выезд из Российской Федерации. Требование о согласовании выезда обусловлено выяснением характера конкретной информации, к которой гражданин имел доступ в рамках своей профессиональной деятельности, степени ее секретности, целей выезда и другими обстоятельствами, наличие которых позволяет сделать вывод о необходимости применения ограничения, предусмотренного подпунктом 1 статьи 15 Федерального закона N 114-ФЗ, то есть в случае осведомленности работника о сведениях особой важности или совершенно секретных сведениях.
.

Таким образом, положение подпункта 19 пункта 24 Инструкции, предписывающее лицам, имеющим допуск к государственной тайне и принявшим на себя обязательства перед государством по неразглашению доверенных им сведений, согласовывать выезд за пределы Российской Федерации с руководителем, принявшим решение о допуске к государственной тайне, действующему федеральному законодательству не противоречит, прав и свобод  не нарушает.

И в том случае, если 

ген.директор при согласовании выезда написал что «возражает» о выезде.

 То действительно есть риск быть привлеченным к уголовной ответственности по ст. 283.2 УК РФ — поскольку при отсутствии согласования в выезде Вы его совершили, чем нарушили требования инструкции по секретному делопроизводству и обеспечение режима секретности.