Если счет оплатит компания работающая с НДС, повлияет ли это как-то на мое ИП дополнительными налоговоми платами?

Здравствуйте, главное, чтобы вы выставляли счета без НДС и они при оплате в платежном поручении ставили, что оплата БЕЗ НДС. Тогда вам ничего не грозит. Если вдруг оплата прошла с НДС от плательщика, попросите написать письмо с уточнением платежа «В виду допущенной ошибки прошу считать оплату по платежному поручению №… от „___“ ____20__г на ИП_______ без НДС». И письмо положите в первичные документы от контрагента, тогда при запросе из ФНС, вы сможете объяснить ситуацию.