Добрый вечер, Игнат.
Прошу обратить Ваше внимание на п. 6 «Порядка и оснований предоставления академического отпуска обучающимся» утв. Приказом Минобрнауки России от 13.06.2013 N 455
6. Обучающийся в период нахождения его в академическом отпуске освобождается от обязанностей, связанных с освоением им образовательной программы в организации, и не допускается к образовательному процессу до завершения академического отпуска. В случае, если обучающийся обучается в организации по договору об образовании за счет средств физического и (или) юридического лица, во время академического отпуска плата за обучение с него не взимается.
Как видно из приведенной нормы права Вы не должны платить за семестр повторно. Как я понимаю речь идет о заключении дополнительного соглашения, но возложена ли на Вас обязанность, в рамках действующего договора, заключить данное доп. соглашение, не ясно.
Для более детальной консультации по Вашему вопросу мне необходимо ознакомиться с договором. С уважением.