К меня не было в городе, мама основной наниматель умерла, мне в паспортном столе отказывают в прописке говорят надо менять договор найма, а как его оформлять если я не прописан?

Если вы в квартире не зарегистрированы и нет иных зарегистрированных жильцов, распоряжаться квартирой будет муниципалитет. Если там кто-то зарегистрирован, ему необходимо перезаключить на себя договор социального найма и тогда он сможет вас зарегистрировать. Это если вы уверены, что квартира не приватизирована. Если она приватизирована — вступайте в наследство, а потом регистрируйтесь.