Не живу с супругой совместно более двух лет, есть дети плачу алименты, супруга предлагает отказаться от доли в квартире, в замен отменит алименты, существует такое в практике?

Да такое соглашение можно оформить у нотариуса.

 Статья 104 СК РФ. Способы и порядок уплаты алиментов по соглашению об уплате алиментов

1. Способы и порядок уплаты алиментов по соглашению об уплате алиментов определяются этим соглашением.
2. Алименты могут уплачиваться в долях к заработку и (или) иному доходу лица, обязанного уплачивать алименты; в твердой денежной сумме, уплачиваемой периодически; в твердой денежной сумме, уплачиваемой единовременно; путем предоставления имущества, а также иными способами, относительно которых достигнуто соглашение.