Александр, здравствуйте.
Если квартира приобретена в 2000 году, то вычет был получен уже в 2001 году, не ранее.
Физлицо вправе повторно получить имущественный налоговый вычет по НДФЛ при приобретении квартиры если ему был предоставлен имущественный налоговый вычет по расходам на приобретение квартиры в соответствии с Законом РФ от 07.12.1991 N 1998-1 «О подоходном налоге с физических лиц» только до 01.01.2001 года.
Описание подобной ситуации существует в письме Минфина РФ от 24 апреля 2013 г. N 03-04-05/7-406 в котором в частности сказано:
Из обращения следует, что налогоплательщик в 1999 г. приобрел квартиру и ему в 2000 и 2001 гг. был предоставлен налоговый вычет. В 2012 г. налогоплательщик приобрел вторую квартиру.
С 1 января 2001 г. предоставление физическим лицам имущественного налогового вычета в связи с приобретением жилья осуществляется в соответствии с положениями гл. 23 «Налог на доходы физических лиц» Кодекса.
Порядок предоставления имущественного налогового вычета по суммам, израсходованным налогоплательщиком на приобретение жилья, определен пп. 2 п. 1 ст. 220 Кодекса. При этом повторное предоставление налогоплательщику имущественного налогового вычета, предусмотренного указанным подпунктом, не допускается.
Таким образом, если имущественный налоговый вычет был предоставлен налогоплательщику в 2001 г. уже в порядке и на условиях, определенных пп. 2 п. 1 ст. 220 Кодекса, налогоплательщик воспользовался своим правом на получение имущественного налогового вычета, предусмотренного вышеуказанным подпунктом,и повторное его получение Кодексом не предусмотрено.
Таким образом, к сожалению, действия налоговой правомерны.
Пожалуйста.
Поскольку квартира вами приобретена в ипотеку, на всякий случай отмечу, что вы по прежнему вправе получить имущественный налоговый вычет, предусмотренный пп. 4 п. 1 ст. 220 НК РФ, который предоставляется в сумме фактически произведенных налогоплательщиком расходов на уплату процентов в соответствии с договором займа (кредита), но не более 3 млн руб. при наличии документов, подтверждающих право на получение имущественного налогового вычета, указанных в п. 3 ст. 220 НК РФ, договора займа (кредита), а также документов, подтверждающих факт уплаты денежных средств налогоплательщиком в погашение процентов (п. 4 ст. 220 НК РФ) в том случае, если ранее расходы на погашение процентов по целевым займам (кредитам) не включались в состав имущественного налогового вычета. Аналогичное мнение изложено в Письме Минфина России от 08.11.2017 N 03-04-05/73352.
Так же дополню, что в Письме Минфина России от 31.10.2017 N 03-04-07/71589 (направлено Письмом ФНС России от 14.11.2017 N ГД-4-11/23004@) обращается внимание, что погашение процентов по ипотечным займам (кредитам), как правило, распределено на длительный период времени, соответственно, сумма имущественного налогового вычета будет определена налогоплательщиками в полном объеме только после погашения кредита (займа) или достижения суммы фактически произведенных расходов размера 3 млн руб.