Также просьба дать комментарии по прочим пунктам, которые вам покажутся спорными, и внести предложения по пунктам, которых может не хватать в данном договоре

1.5. Срок аренды нежилого помещения по настоящему договору устанавливается                     с «___» _____________ 201___ г. по «___» _______________ 201___ г. включительно. Условия Договора применяются к отношениям сторон, возникшим до его заключения с даты подписания акта приема-передачи нежилого помещения.  

В случае не достижения Сторонами согласия относительно продления срока действия настоящего договора на новый срок, договор считается прекращенным с момента окончания срока действия договора

1. В силу п.1 ст. 609 ГК РФ

1. Договор аренды на срок более года, а если хотя бы одной из сторон договора является юридическое лицо, независимо от срока, должен быть заключен в письменной форме.

т.е. важно понимать, что если будет продление срока аренды, то это будет договор аренды сроком свыше 1 года и он будет подлежать регистрации. В этом случае нужно отметить только перезаключение договора на тех же условиях на тот же срок. Безусловно с преимущественным правом на заключение. 

2. В части п.2.2.1. Тут действительно -  Правила, которые Арендодатель вправе устанавливать в отношении пользования Зданием, не понятно какой документ смотреть.

3.  П.2.2.3. Своевременно вносить установленную настоящим договором плату за владение и пользование нежилым помещением (арендную плату) и компенсировать коммунальные услуги независимо от факта пользования им. — Тут верно отмечено, что почему обязаны компенсировать независимо от факта использования.

Важно понимать, что в соответствии с пунктом 2 статьи 616 Гражданского кодекса РФ арендатор должен нести расходы на содержание арендованного имущества, если иное не установлено законом или договором.

При этом такие расходы должны быть подтверждены, например, по приборам учета.

4. В п.2.2.5 как раз отражены условия п.2 ст. 616 ГК РФ. 

5. В п.2.2.6 если авария возникла по вине Арендодателя, то действительно убытки (15 ГК РФ) должны быть возмещены Арендодателем, но это можно отразить в разделе ответственность и разделе обязательства  в п.2.1. (какой-нибудь подпункт.

6. В п.2.2.7.   тут речь об неотделимых улучшениях и порядке согласования. (см. ст. 623 ГК РФ) в договоре  отражены доп. условия, поэтому полагаю, что Арендатор не вправе требовать компенсации (см. п.3.2.2.).

7. В п.2.2.9 — тут непонятно какой документ смотреть, что такое внутренние правила и кто их устанавливает?

8. В п.2.2.10-2.2.18 пункты обоснованные. 

9 п. 3.1.3. действительно излишний, поскольку есть обеспечительный платеж.

10. 3.1.7. согласен, что нужно указать, что требуется хотя бы уведомление, чтобы понимать, что будет с помещением и т.д. Безусловно, что смена собственника на договор не влияет.

11. 3.1.9 согласен, право у Арендодателя должно быть, но в определенных пределах, чтобы не нарушать права Арендатора. Ведь такой реконструкция в принципе может парализовать деятельность Арендатора. 

12. п.4.1. тут возникает вопрос почему указывается НДС, да еще 18%?

13.  п.4.2. отражено, что включается в арендную плату.  (см. ст. 614 ГК РФ). Важно отметить, что в плату входят  расходы на содержание и эксплуатацию общего имущества, возмещение  коммунальных услуг (тепло-, холодо-, водоснабжения). Электроэнергия я так понял, что не входит в оплату. 

14. 4.3. тут указан про прибор учета. Безусловно хорошо, но при составлении акта все показания следует отразить. Кроме того, не указано как осуществляется расчет на содержание и эксплуатацию общего имущества.

15. п.4.4. тут вопросов нет. Как удобнее, так и отражайте.

16. в 4.5. все верно, что нужно отражать помимо порядка изменения оплаты, и его размер.

17. в 4.8. опять же отражен НДС 18%?

18. в 4.9 и  4.10 речь идет о штрафных санкциях по договору. Они в силу ст. 330 ГК РФ могут возникнуть только при нарушении обязательств.

19. 4.13 обычно используют как плату за досрочное расторжение договора.  (это соответствует ст. 381.1 ГК РФ). Для вас возможно лучше попытаться удалить этот пункт.

20. п. 5.5. и 5.6., либо убрать вообще, либо снижать до 0,1 %-0,3% от сумму аренды за каждый день просрочки.

21. п.6.7.1 хорошо, что есть право у арендатора расторгнуть договор за 2 месяца до принятия решения.

2.2. если есть п.6.7.1, то и арендодателя должен быть такой же пункт 6.7.2.

2.3. 6.7.3 тут действительно можно попробовать увеличить срок. 

2.2.14. Обеспечить беспрепятственный допуск в нежилое помещение представителей Арендодателя с целью контроля за использованием Арендатором нежилого помещения в соответствии с условиями настоящего Договора. Арендодатель обязан уведомить Арендатора о посещение не менее чем за сутки.

Дату посещения и время считаю нужно согласовывать совместно.

2.2.15. За месяц до истечения срока действия Договора письменно уведомить Арендодателя (обеспечить поступление такого уведомления Арендодателю в указанный срок) о желании заключить Договор на новый срок, в случае наличия такого желания.

Формулировку «на новых условиях» лучше убрать пропишите " о намерении пролонгировать договор. Условия могут остаться теми же.

ГК РФ Статья 621. Преимущественное право арендатора на заключение договора аренды на новый срок

 
1. Если иное не предусмотрено законом или договором аренды, арендатор, надлежащим образом исполнявший свои обязанности, по истечении срока договора имеет при прочих равных условиях преимущественное перед другими лицами право на заключение договора аренды на новый срок. Арендатор обязан письменно уведомить арендодателя о желании заключить такой договор в срок, указанный в договоре аренды, а если в договоре такой срок не указан, в разумный срок до окончания действия договора.

 
При заключении договора аренды на новый срок условия договора могут быть изменены по соглашению сторон.

2.2.16. По истечении срока действия Договора, а также в случае досрочного прекращения Договора, освободить нежилое помещение от своих материальных ценностей и передать нежилое помещение Арендодателю в состоянии не хуже того состояния, в котором Арендатор получил его, с учетом естественного износа. В случае невыполнения этой обязанности Арендатор обязан возместить Арендодателю убытки в объеме стоимости работ, которые произведет Арендодатель для приведения нежилого помещения в нормальное состояние, а также стоимость ущерба, причиненного имуществу. Объем и стоимость работ Арендодателя, производимых для приведения Помещений в нормальное состояние, согласовываются Сторонами путем подписания двустороннего Акта. Отказ или уклонение Арендатора от подписания такого Акта не является основанием для отказа в возмещении убытков Арендодателю.

Обратите пристальное внимание на этот пункт, чтоб не допустить непредвиденных расходов.

3.1.3. В случае нарушения Арендатором сроков внесения арендной платы потребовать от него досрочного внесения арендной платы, но не более чем за два месяца вперед. 

Не понятно причем тут 2 месяца, если вы просрочили например 1 месяц.

Лучше убрать этот пункт. Итак очевидно, что он имеет право требовать оплату

3.1.4. Отказаться от исполнения своих обязательств по настоящему договору или досрочно расторгнуть настоящий договор в порядке, установленном действующим законодательством РФ и настоящим договором.

Этот пункт как то особняком стоит. Наверное подразумевалось в случаи неисполнения или ненадлежащего исполнения арендатором своих обязательств, нарушения правил пользования нежилым помещением, уведомив арендатора не менее чем за такой то срок 

ГК РФ Статья 619. Досрочное расторжение договора по требованию арендодателя

 
По требованию арендодателя договор аренды может быть досрочно расторгнут судом в случаях, когда арендатор:

 
1) пользуется имуществом с существенным нарушением условий договора или назначения имущества либо с неоднократными нарушениями;

 
2) существенно ухудшает имущество;

 
3) более двух раз подряд по истечении установленного договором срока платежа не вносит арендную плату;

 
4) не производит капитального ремонта имущества в установленные договором аренды сроки, а при отсутствии их в договоре в разумные сроки в тех случаях, когда в соответствии с законом, иными правовыми актами или договором производство капитального ремонта является обязанностью арендатора.

 
Договором аренды могут быть установлены и другие основания досрочного расторжения договора по требованию арендодателя в соответствии с пунктом 2 статьи 450 настоящего Кодекса.

 
Арендодатель вправе требовать досрочного расторжения договора только после направления арендатору письменного предупреждения о необходимости исполнения им обязательства в разумный срок.