Ru/, с помощью ЭП, выданной на физическое лицо в удостоверяющем центре?

Здравствуйте, Александр! 
При внесении сведений в ЕГРЮЛ заявителем является ООО в лице руководителя, соответственно ЭЦП должна быть выпущена на ООО в лице руководителя. Подпись физического лица не подходит.
В настоящее время  ЭЦП для юридических лиц и ИП пригодные для работы с сервисом https://service.nalog.ru выдает только ФНС. Подпись они оформляют бесплатно, нужна только специальная флешка рутокен.

Статья 17.2. Федерального закона от 06.04.2011 N 63-ФЗ  «Об электронной подписи»
1. В случае использования квалифицированной электронной подписи при участии в правоотношениях юридических лиц, за исключением юридических лиц, использование квалифицированной электронной подписи при правоотношениях с которыми регулируется частями 2 и 3 настоящей статьи:

1) применяется квалифицированная электронная подпись юридического лица, квалифицированный сертификат которой выдается удостоверяющим центром федерального органа исполнительной власти, уполномоченного на осуществление государственной регистрации юридических лиц, в установленном уполномоченным федеральным органом порядке с указанием в качестве владельца квалифицированного сертификата также лица, уполномоченного действовать без доверенности. Указанный в настоящем пункте порядок должен включать в себя в том числе возможность идентификации заявителя без его личного присутствия с использованием квалифицированной электронной подписи при наличии действующего квалифицированного сертификата;