Брала деньги с кассы, при проверки вышла недостача, объяснительную написала просила чтоб вернуть частями сумму

Конечно лучше вернуть сразу сумму. если ставят такое условие.
 Все что связано с полицией и хищением для вас конечно очень чревато всякими последствиями. И увольнение по статье за хищение может быть и вообще уголовное дело, если сумма похищенного больше 2500 руб. А отметка о судимости будет у вас во всех документах до конца жизни фигурировать. 

Статья 81 ТК РФ. Расторжение трудового договора по инициативе работодателя

Трудовой договор может быть расторгнут работодателем в случаях:
г) совершения по месту работы хищения (в том числе мелкого) чужого имущества, растраты, умышленного его уничтожения или повреждения, установленных вступившим в законную силу приговором суда или постановлением судьи, органа, должностного лица, уполномоченных рассматривать дела об административных правонарушениях;