Татьяна, добрый день.
В ст. 22.3 Федерального закона от 8 августа 2001 г. N 129-ФЗ «О государственной регистрации юридических лиц и индивидуальных предпринимателей» указаны основания в соответствии с которым деятельность физического лица в качестве индивидуального предпринимателя прекращается.
Такого основания, как выполнение работы физическим лицом по гражданско-правовому договору, разумеется, нет. Поэтому нет необходимости закрывать ИП в данном случае.
Здесь нужно понимать природу договора гражданско-правового характера. По общему правилу правоотношения возникшие в рамках исполнения обязательств по ГПД не будут регулироваться трудовым законодательством. Работать по договору подряда, договору на оказание услуг с другой организацией законом не запрещено.
С уважением.