Так вот местное СТО не даёт гарантию на свою работу по сборке двигателя, так как они говорят, цилиндровку делали не они

В данном случае, стоит исходить из того, что объем выполняемых работ определяется договором, в нем также прописываются условия по порядку их выполнения.

Как отмечено, в постановлении Правительства РФ от 11.04.2001 N 290 «Об утверждении Правил оказания услуг (выполнения работ) по техническому обслуживанию и ремонту автомототранспортных средств»

15. Договор заключается в письменной форме (заказ-наряд, квитанция или иной документ) и должен содержать следующие сведения:
ж) перечень оказываемых услуг (выполняемых работ), перечень запасных частей и материалов, предоставленных исполнителем, их стоимость и количество;
з) перечень запасных частей и материалов, предоставленных потребителем, с указанием информации об обязательном подтверждении их соответствия обязательным требованиям, если федеральными законами или в установленном в соответствии с ними порядке, в частности стандартами, такие требования установлены;
и) гарантийные сроки на результаты работы, если они установлены;

При этом нужно смотреть в договоре (заказ-наряде) на наличие или отсутствие условий о том будут ли производится работы силами самого СТО или же они укажут, что работы выполняются  с привлечением третьих лиц.

В силу ст. 706 ГК РФ

1. Если из закона или договора подряда не вытекает обязанность подрядчика выполнить предусмотренную в договоре работу лично, подрядчик вправе привлечь к исполнению своих обязательств других лиц (субподрядчиков). В этом случае подрядчик выступает в роли генерального подрядчика.
3. Генеральный подрядчикнесет перед заказчиком ответственность за последствия неисполнения или ненадлежащего исполнения обязательств субподрядчиком в соответствии с правилами пункта 1 статьи 313 и статьи 403 настоящего Кодекса, а перед субподрядчиком — ответственность за неисполнение или ненадлежащее исполнение заказчиком обязательств по договору подряда.

Таким образом, в отсутствие оговорки о том, что ремонт будет производится лично СТО вправе давать поручение по его проведению третьим лицам, за действия которых оно также несет ответственность.

То, что на указанные работы не будет установлен гарантийный срок — ответственность с СТО не снимает.

Оно по смыслу ст. 29 Закона РФ «О защите прав потребителей» также будет нести ответственность за качество выполненных работ по второму этапу, при условии, если с Вашей стороны будут представлены доказательства того, что недостатки возникли до получения Вами результатов работ.

Таким образом, при выявлении в работе недостатка Вы вправе провести самостоятельно экспертизу и если эксперт придет к выводу о том, что причиной недостатка явился некачественный ремонт — то Вы несмотря на отсутствие гарантийного срока вправе требовать от СТО безвозмездно устранить недостаток, а если он не может быть устранен, ввиду того, что является существенным — то вправе требовать вернуть полную стоимость ремонта. 

Если они не дают гарантию на работу, то это не значит, что у них нет ответственности, просто бремя доказывания ложится уже на Вас. Указанное постановление гласит, что

42. Исполнитель отвечает за недостатки оказанной услуги (выполненной работы), на которую не установлен гарантийный срок, если потребитель докажет, что они возникли до ее принятия им или по причинам, возникшим до этого момента.

Исполнитель отвечает за недостатки оказанной услуги (выполненной работы), на которую установлен гарантийный срок, если не докажет, что они возникли после принятия оказанной услуги (выполненной работы) потребителем вследствие нарушения им правил использования результата оказанной услуги (выполненной работы), действий третьих лиц или непреодолимой силы.

В случае, когда предусмотренный договором гарантийный срок составляет менее 2 лет и недостатки оказанной услуги (выполненной работы) обнаружены потребителем по истечении гарантийного срока, но в пределах двух лет, потребитель вправе предъявить требования, предусмотренные пунктом 40 настоящих Правил, если докажет, что такие недостатки возникли до принятия им результата оказанной услуги (выполненной работы) или по причинам, возникшим до этого момента.