Если свидетельство о рождении оформить в Хорватии (хорватское), то каки могут быть минусы этого варианта по сравнению с вариантом оформления через консульство РФ?

Здравствуйте, Сергей!
В Вашем случае нужно индивидуально подходить к каждому случаю. Вопрос Ваш и обеспокоенность мне ясны. Универсальных каких-то последствий в законе нет, из чего и говорю, что индивидуально нужно рассмотреть все. Вопрос про материнский капитал:

Часть 1 статьи 3 федерального закона Российской Федерации «О дополнительных мерах государственной поддержки семей, имеющих детей»  в качестве важного условия получения материнского капитала выделяет гражданство ребенка. Так, в статье указано:

1. Право на дополнительные меры государственной поддержки возникает при рождении (усыновлении) ребенка (детей), имеющего гражданство Российской Федерации, у следующих граждан Российской Федерации независимо от места их жительства:

 Также пособия для граждан от 3 до 7 лет:

В пункте 3 Постановления Правительства РФ от 31.03.2020 N 384 (ред. от 28.04.2022) «Об утверждении основных требований к порядку назначения и осуществления ежемесячной денежной выплаты на ребенка в возрасте от 3 до 7 лет включительно, примерного перечня документов (сведений), необходимых для назначения указанной ежемесячной выплаты, и типовой формы заявления о ее назначении» указано:

Право на получение ежемесячной выплаты возникает в случае, если ребенок является гражданином Российской Федерации.

То есть как видите, как минимум в двух интересующих Вас аспектах требуется гражданство РФ для ребенка. Соответственно, подводя итог, можно сделать вывод, чт лучше оформить гражданство ребенка российской и через консульство РФ.
С уважением,

Артем Гагикович!