Может ли другой военкомат вручить повестку и действительна она

Здравствуйте! Да законна. По смыслу закона он должен был стать на учет по месту пребывания. 

Если повестку выдали под роспись, то он обязан прибыть в место указанное в повестке.

Статья 10. Обязанности граждан по воинскому учету ФЗ-53

1. В целях обеспечения воинского учета граждане обязаны:

явиться в двухнедельный срок в военный комиссариат для постановки на воинский учет, снятия с воинского учета и внесения изменений в документы воинского учета при переезде на новое место жительства и (или) место пребывания, в том числе не подтвержденные регистрацией по месту жительства и (или) месту пребывания, либо выезде из Российской Федерации на срок более шести месяцев или въезде в Российскую Федерацию;

Так же исходя и из разъяснений повестку могут вручить и в другом городе, даже если Вы не прописаны в нем и находитесь в командировки. Данные о вручении фиксируются. Ссылка