У меня, продавца, проблем в свое время не было с этим, двигатель не менял, на учет встал

Исчерпывающий перечень оснований для отказа в постановке на учет транспортного средства, оговорен в ст. 20 ФЗ от 03.08.2018 N 283-ФЗ «О государственной регистрации транспортных средств в Российской Федерации и о внесении изменений в отдельные законодательные акты Российской Федерации»

и продублирован в приказе  МВД России от 21.12.2019 N 950

в числе которых называется

92.1. Невозможность идентификации транспортного средства вследствие подделки, сокрытия, изменения и (или) уничтожения маркировки транспортного средства и (или) маркировки основного компонента транспортного средства.
92.4. Несоответствие регистрационных данных или конструкции транспортного средства сведениям, указанным в документах, идентифицирующих транспортное средство, за исключением регистрационных и иных данных транспортного средства, подлежащих изменению (внесению в документ, идентифицирующий транспортное средство) на основании представленных документов.

Судебная практика исходит из того, что для целей регистрации транспортного средства предполагается проведение экспертизы для установления признаков изменения или их отсутствия в номере двигателя.

В частности, это отражено, например, Кассационное определение Первого кассационного суда общей юрисдикции от 12.09.2022 N 88а-24165/2022

Выводы суда основаны на нормах закона, регулирующего рассматриваемые правоотношения, установленных по делу обстоятельствах, а также имеющихся доказательствах, в том числе заключении эксперта К.Г. от 26 июня 2021 года N 30, из которого следует, что все маркировочные обозначения транспортного средства совпадают: номер на маркировочной (информационной) табличке совпадает с номером двигателя и с номерами, указанными в паспорте транспортного средства, а размеры и взаимное расположение информационной таблички на раме мотоцикла соответствует стандарту завода-изготовителя, следов изменения информационной таблички на раме мотоцикла, а также резьбы для винтов информационной таблички на раме (отдельных знаков), следов изменения номера двигателя (отдельных знаков) не обнаружено.

При невозможности идентификации транспортного средства, а равно, при подтверждении экспертом, что в номер двигателя вносились изменения — указанные обстоятельства будут являться препятствием для регистрации транспортного средства.

В таком случае, поскольку покупатель не может поставить его на регистрационный учет, в связи с чем не может эксплуатировать транспортное средство по его прямому назначению, он обосновано может обратиться к Вам с требованиями о расторжении договора купли-продажи и взыскании с Вас оплаченной за автомобиль суммы.

При отказе в удовлетворении его требований — он может обратиться в суд. И в подобной ситуации более чем вероятна перспектива удовлетворения судом его требований.

Как это например, имело место в следующем случае:

Определение Первого кассационного суда общей юрисдикции от 21.01.2021 N 88-1475/2021

В обоснование иска Г.М.НА. указал, что при продаже автомобиля М. третьему лицу, не заявляющему самостоятельных требований относительно предмета спора, Чан-оглы Р.Р. продавцом не были оговорены существенные недостатки автомобиля: измененная маркировка транспортного средства и номерных агрегатов.
Решением Свердловского районного суда города Белгорода от 15 января 2020 г., оставленным без изменения апелляционным определением судебной коллегии по гражданским делам Белгородского областного суда от 16 июня 2020 г., исковые требования Г.М.НА. к М. о расторжении договора, взыскании денежных средств удовлетворены.
Вторичное обозначение номера двигателя, нанесенное на специальной площадке блока цилиндров, не соответствует технологии маркирования завода-изготовителя. Установить первоначальное маркировочное обозначение модели и номера двигателя, наносимое в условиях завода-изготовителя на блок цилиндров, экспертным путем на момент проведения исследования не представляется возможным по причине труднодоступности для проведения исследования маркировочной площадки.
Судебная коллегия находит, что правовая позиция судов первой и апелляционной инстанции, изложенная в решении суда и апелляционном определении, является правильной, поскольку она основана на нормах права

Таким образом, тут стоит пойти на компромисс и попробовать восстановить действительный номер двигателя, подтвердив его документально.

В ином случае, у покупателя достаточно шансов для отказа от договора. 

тогда уже Вам можно будет в порядке регресса судиться с предыдущим владельцем.