После смерти матери остался дом оформленный на мать и дочь, по исходу времени материнскую долю на себя оформил отец, каким образом он может переоформить свою долю на дочь?

Здравствуйте, если речь идет лишь о переоформлении, то можно оформить договор дарения, по которому доля перейдет от отца к дочери. Ограничений на дарение или продажу лишь по истечении трех лет не существует. Вам скорее всего сообщили, что не подлежит налогообложению доход от продажи имущества, которое перешло по наследству, так как для таких сделок  срок освобождения от уплаты налогов при реализации составляет 3 года.