Или если номера комнаты нет в ФИАС, то мы ничего дополнительно указывать не можем?

Здравствуйте.

Как следует из закона от 28.12.2013 № 443-ФЗ «О федеральной информационной адресной системе» полномочия на присвоение адреса, его изменение или аннулирование имеются у органов местного самоуправления и органов государственной власти городов федерального значения.

Ввиду этого по идее, собственник должен обратиться с заявлением в соответствующий орган, который уполномочен присваивать или изменять адреса. Дело это небыстрое. Однако вариантов нет, поскольку ориентироваться при указании адреса следует на написание адреса по муниципальному делению в ФИАС, а
сокращение адресных элементов должно соответствовать требованиям приказа Минфина от 5 ноября 2015 г. № 171н. 

Таким образом 

Или теперь номер этажа указывать не надо.

 номер этажа указывать не надо, следует исключительно ориентироваться на то, что указано в ФИАС.

2. Если у нас есть номер комнаты в договоре аренды, можем ли мы указать ее номер в графе «помещение в пределах квартиры». Или если номера комнаты нет в ФИАС, то мы ничего дополнительно указывать не можем?

 не можете, пока номер не появился в ФИАС.

3. В связи с подготовкой доп.соглашения на уточнения номера помещения. Нам нужно подготовить новое решение о смене адреса. Что указать в новом решении, что предыдущее решение аннулируется, уточняется или вообще не ссылать на него.

 Не требуется. Достаточно сослаться на отказ ИФНС.

4. При повторной подаче заявления нужно ли нам на титульном листе заявления в причине предоставления заявления указать цифру 4 (исправление ошибок) или нужно указать цифру 2, так как будто мы подаем все заново?

 Подаете все заново, поскольку ввиду отказа, это заявление уже не работает.

Если Вам потребуется дополнительная консультация по этому вопросу и/или составление документов, либо возникнут иные правовые вопросы, Вы можете обратиться ко мне в чат за персональной консультацией.