Так как заявление в первую очередь было написано на мужчину который домогался?

Добрый день Юрий.

Если речь об угрозах в отношении сотрудницы, то фокус будет обращен именно на этот факт. Полицию это не сильно интересует, так как состава преступления в этом нет. А прокурор может обратить внимание на данный факт, в связи с чем работодатель может быть привлечен к административной ответственности.

Заявление было написано не от ее лица а от лица ип

 Если имели место угрозы в отношении сотрудницы, то заявление должна была написать она.

Вероятно следователь предложит ей подать заявление.

Работодателя опросят в рамках проверки и как свидетеля в случаи возбуждения УД.

чтобы не приплели ее как сотрудницу которая не официально устроено, работает больше официальной нормы и тд

 Если ИП намерен продолжать с ней трудовые отношения, то надо заключить ТД, в объяснении не  говорить о том, что работаете неофициально. 

Нужно как можно скорее заключить трудовой договор, потом в объяснении говорить, что работает по ТД, не указывая конкретных дат.  Тогда думаю особое внимание на это обращать не будут. 

Юрий, здравствуйте! 
Ответственность за сексуальное домогательство, совершаемое с применением угроз, целиком и полностью охватывается нормами ст. 133 УК РФ – «Понуждение к действиям сексуального характера», карается данное деяние тюремным сроком до 1 года или штрафом до 120 тысяч рублей. За совершение домогательства в отношении несовершеннолетнего лица (но, при этом, не моложе 16 лет!) ответственность строже – лишение свободы сроком до 5 лет.

Это то, что касается этого мужчины, который домогался. 

Теперь, что касается работодателя. 

В ходе досудебного разбирательства могут быть рассмотрены все обстоятельства дела, как и тот факт, что девушка работает в данной организации. Как показывает практика, в рамках процессуальных действий, будет рассматриваться именно факт домогательств, устроена девушка официально или нет врятли будет интересовать. 
Однако, что касается неофициального трудоустройства: 

Согласно ст. 16 ТК РФ:

Трудовые отношения между работником и работодателем возникают также на основании фактического допущения работника к работе с ведома или по поручению работодателя или его уполномоченного на это представителя в случае, когда трудовой договор не был надлежащим образом оформлен.

Трудовой договор с работником должен быть заключён не позднее трех рабочих дней со дня фактического допущения работника к работе.  В соответствии со статьей 67 Трудового кодекса РФ трудовой договор, не оформленный в письменной форме, считается заключенным, если работник приступил к работе с ведома или по поручению работодателя или его представителя.

А это означает, что если договор не заключён, необходимо заключить. Что касается того, что она работает больше официальной нормы- здесь тоже предусмотрена ответственность, но это ещё нужно доказать. 

Статьей 5.27 КоАП РФ предусмотрена административная ответственность, а именно… фактическое допущение к работе без заключения трудового договора, уклонение работодателя от оформления трудового договора заключение гражданско-правового договора, фактически регулирующего трудовые отношения, влечет административную ответственность работодателя в размере от 5 до 100 тысяч рублей.

Статья 199.1 УК РФ предусматривает и уголовную ответственность но только за неуплату налогов в крупном размере!! 

1. Неисполнение в личных интересах обязанностей налогового агента по исчислению, удержанию или перечислению налогов и (или) сборов, подлежащих в соответствии с законодательством Российской Федерации о налогах и сборах исчислению, удержанию у налогоплательщика и перечислению в соответствующий бюджет (внебюджетный фонд), совершенное в крупном размере, — наказывается штрафом в размере от ста тысяч до трехсот тысяч рублей или в размере заработной платы или иного дохода осужденного за период от одного года до двух лет, либо принудительными работами на срок до двух лет с лишением права занимать определенные должности или заниматься определенной деятельностью на срок до трех лет или без такового, либо арестом на срок до шести месяцев, либо лишением свободы на срок до двух лет с лишением права занимать определенные должности или заниматься определенной деятельностью на срок до трех лет или без такового.

Как показывает практика, в вашем случае возможен административный  штраф