Здравствуйте, Ольга!
Уточните у Вас в трудовом договоре есть условия о временном ограничении на выезд?
Право гражданина на выезд из РФ может быть временно ограничено, в том числе при допуске к сведениям особой важности или совершенно секретным сведениям
1) при допуске к сведениям особой важности или совершенно секретным сведениям, отнесенным к государственной тайне в соответствии с законом Российской Федерации о государственной тайне, заключил трудовой договор (контракт), предполагающий временное ограничение права на выезд из Российской Федерации, при условии, что срок ограничения не может превышать пять лет со дня последнего ознакомления лица со сведениями особой важности или совершенно секретными сведениями, — до истечения срока ограничения, установленного трудовым договором (контрактом) или в соответствии с настоящим Федеральным законом.
по ссылке ст.15 Федеральный закон от 15 августа 1996 г. N 114-ФЗ «О порядке выезда из Российской Федерации и въезда в Российскую Федерацию» https://base.garant.ru/10135803/36bfb7176e3e8bfebe718035887e4efc/
При допуске к третьей форме допускают к секретным сведениям.
4. В соответствии со степенями секретности сведений, составляющих государственную тайну, устанавливаются следующие формы допуска граждан к государственной тайне:
первая форма — для граждан, допускаемых к сведениям особой важности;
вторая форма — для граждан, допускаемых к совершенно секретным сведениям;
третья форма — для граждан, допускаемых к секретным сведениям.
по ссылке Постановление Правительства РФ от 06.02.2010 N 63 http://www.consultant.ru/document/cons_doc_LAW_97474/4ed29ad47731ddea75f76a2c6904f32b54391087/
Таким образом, наличие третьей формы не предполагает наложения ограничений на выезд из РФ.
Уточните место работы МВД, ФСБ и т.п