Аудитор чего-то не понял или мы неправы и надо менять учет?

Оксана, добрый день!
Вопрос скорее из категории бухгалтерии нежели чем таможенного права, но отвечу так.
Подавляющее большинство импортёров в РФ поступают именно так как вы, а именно: принимают к учету товар на дату поступления на склад. Это связано с особенностями бухгалтерского учета МПЗ, стоимость которых выражена в валюте, отличной от валюты Российской Федерации.
Довольно часто вместо даты перехода права собственности (когда последняя контрактом не оговорена) бухгалтеры оперируют в учете датой оформления декларации на товары (или же датой выпуска с таможни). Например, при определении курса валюты для подсчета рублевой стоимости приобретенных МПЗ.
Что касается условий Инкотермс, как вами совершенно справедливо было отмечено, они регулируют переход рисков, но никак ни право собственности. Риск утраты и право собственности разграничены. Это просто нужно запомнить.

В бухгалтерском учете транспортные расходы по доставке импортных товаров отражаются либо в фактической себестоимости импортных товаров либо в составе издержек обращения в зависимости от того, какой способ учета закреплен в вашейучетной политике для целей бухучета (пункте 13 ПБУ 5/01).  
Согласно документу, себестоимостью импортной продукции можно считать сумму затрат торговой организации на приобретение товара, за исключение НДС и предусмотренных законом возмещаемых налогов.

Далее, порядок учета расходов, которые могут возникнуть у организации в связи с приобретением товаров, так же зависит от учетной политики для целей налогообложения.
Статьей 320 НК предусмотрены два варианта:
*расходы, связанные с приобретением товаров, учитываются обособленно;
*расходы, связанные с приобретением товаров, включаются в их стоимость. 
Если организация приняла решение обособленно учитывать расходы, связанные с приобретением товаров, то дата признания этих расходов будет зависеть от метода, которым рассчитывается налог на прибыль.
При кассовом методе расходы, связанные с приобретением товаров, учитывайте после того, как они будут оплачены (п. 2 ст. 273 НК).
При методе начисления расходы, связанные с приобретением товаров, должны быть распределены на прямые и косвенные (издержки обращения) (ст. 320 НК).
Прямые расходы (стоимость товаров, затраты на доставку, таможенные сборы и пошлины) учитываются в момент реализации товаров, а издержки обращения – в том отчетном периоде, в котором они возникли (подп. 3 п. 1 ст. 268, ст. 320 НК). 

Возможно, аудитор нашел разночтения именно в вашей учетной политике для целей бухучета и для целей налогообложения, а право собственности тут уже не играет роли.
Таким образом, ваш вопрос глубже нежели чем просто вопрос перехода права собственности. Не пожалейте время и обсудите все подробно с аудитором. Это будет и дешевле и полезнее, нежели чем потом ругаться с налоговой.
Так отвечу.