Просто хотят чтобы мы сдали работы без Линолеума, платить хотят не только за работу, но и за сам материал, но при этом материал остается у них как так?

Здравствуйте!

они заявляют что не хотят платить за спортивный линолеум который был куплен в 2 раза дороже чем указано в смете в связи с удорожанием всей продукции на рынке, т.к. линолеум установлен не по ГОСТУ и есть какие то неровности, никаких актов они на этот счет не составляют.

 Мало ли что они устно заявляют. В акте скрытых работ, органа, осуществляющего строительный контроль об этом указано, что линолеум установлен не по ГОСТу? Все недостатки должны быть подтверждены документально.

Вам следует  осуществить действия согласно раздела 4. Порядок приемки работ заключенного контракта. А именно сформировать  с использованием единой информационной системы, подписать усиленной электронной подписью лица, имеющего право действовать от имени Подрядчика, и разместить в единой информационной системе документ о приемке, к документу о приемке в электронной  форме можете приложить КС- 2, КС-3 и другие документы.

Далее уже заказчик пусть рассматривает докумнты о приемке и либо соглашается, либо делает мотивированный отказ от приемки.

Непонятно на каком основании заказчик хочет, чтобы Вы сдали работы без линолеума, при этом материал остается  у него и школа за него Вам собирается оплатить.

Согласно п.2.2. Вашего контракта (практически полностью продублированном в п.2.3)

Цена Контракта включает в себя стоимость Работ, все затраты, необходимые для их выполнения, в т.ч. стоимость материалов и оборудования, инвентаря, транспортные и накладные расходы, а также все налоги, сборы и другие обязательные платежи, которые в соответствии с действующим законодательством РФ должны оплачиваться Подрядчиком при исполнении Контракта. 

Представляется, что то, о чем говорит Вам заказчик, является нарушением условий контракта.Так как стоимость материала и работ по установке линолеума включается в цену контракта.

Кстати, у Вас в контракте два пункта 2.2, если Вы обратили вимание.

Плюс ко всему этому, мы на УСН, на счет НДС они заявили что так же не будут платить т.к. мы находимся на упрощенке. Но до этого около у нас было около 20 закупок и везде нам платили НДС, т.к. мы же в магазине покупаем материал, мы же платим НДС, а тут с нас удерживают что это такое получается?

У Вас есть п.2.1 контракта, в котором сказано, что

2.1. Цена Контракта составляет 2095971,21 рублей (два миллиона девяносто пять тысяч девятьсот семьдесят один рубль двадцать одна копейка), НДС не облагается в связи с установлением для Подрядчика упрощенной системы налогообложения в соответствии со ст. 346.11 Налогового кодекса РФ. 

В Законе № 44-ФЗ отсутствуют положения, позволяющих заказчику в одностороннем порядке уменьшать цену контракта в зависимости от применяемой победителем системы налогообложения, следовательно, контракт заключается по цене, предложенной победителем в части заключения  контракта с победителем закупки, применяющим упрощенную систему налогообложения.С учётом этого, а также положений п.2.1 Вашего контракта никакого уменьшения на сумму НДС  быть не должно.

Согласно Письма Минфина России от 21.04.2020 N 24-01-08/31861

Таким образом, в соответствии с положениями Закона N 44-ФЗ контракт заключается и оплачивается заказчиком по цене победителя закупок вне зависимости от применяемой победителем системы налогообложения.
Сумма, предусмотренная контрактом за выполненный объем работ, должна быть оплачена победителю закупок в установленном контрактом размере.

Вопрос такой: возможно ли после того как подпишем акты, и получим хоть какие то деньги от выполненных работ, подать на них в суд и взыскать НДС и потребовать оплату линолеума, либо вернуть его нам обратно раз они не согласны за него платить

Если документ о приемке будет подписан, то в соответствии  с п.2.5 Заказчик обязан оплатить Вам  выполненные работу в установленные сроки (10 рабочих дней). Если Вам, например, заказчик не доплатит (вычтет, к примеру, НДС, стоимость линолеума или ещё что-то), то у Вас будет право обратиться к нему с претензией, а потом и иском в суд.

Надо в Ваших действиях руководствоваться условиями заключенного контракта. Обязательства должны быть исполнены надлежащим образом, односторонний отказ от исполнения недопустим ( ст.308-310 ГК РФ).