Работаю за границей и так получилось что учусь очно на магистратуре

В таком случае, нет оснований для ограничения Вашего права на выезд из страны.

Основания для ограничения права на выезд определены в ст. 15 ФЗ  от 15.08.1996 N 114-ФЗ
«О порядке выезда из Российской Федерации и въезда в Российскую Федерацию» по смыслу которой право на выезд может быть ограничено

2) в соответствии с законодательством Российской Федерациипризван на военную службу или направлен на альтернативную гражданскую службу, — до окончания военной службы или альтернативной гражданской службы;

Ввиду того, что Вы сняты с воинского учета, то согласно ст. 22 ФЗ «О воинской обязанности и военной службе» призыву Вы как проживающий за пределами РФ не подлежите, а следовательно решение о призыве в отношении Вас не принимается.

Более того, принять решение о призыве, могут только очно на заседании призывной комиссии исключительно в пределах сроков, установленных законодательством для целей его проведения, т.е. после 1 апреля.

С учетом указанных обстоятельств:

— Вы выезжаете до начала призыва;

— Вы не подлежите призыву, как постоянно проживающий за границей.

Нет оснований ограничивать Ваш выезд.

Таким образом, никаких проблем при выезде из РФ у Вас не возникнет.