Ответственность генерального директора ООО при увольнении. И как уволиться?

Генеральный директор как и любой другой сотрудник имеет право уволиться по собственному желанию в соответствии со ст. 280 ТК РФ, которая гласит: 

Руководитель организации имеет право досрочно расторгнуть трудовой договор, предупредив об этом работодателя (собственника имущества организации, его представителя) в письменной форме не позднее чем за один месяц.

Во-первых, руководитель несет полную материальную ответственность за прямой действительный ущерб, причиненный организации, а в ряде случаев и за убытки.

Во-вторых, руководитель является единоличным исполнительным органом организации и отвечает за всю ее текущую деятельность — следовательно при конфликте с учредителем, последний в случае недопропорядочности может совершить от имени организации действия, ответственным за которые будет не надлежащим образом уволившийся руководитель.

В- третьих, в выписки ЕГРЮЛ запись о руководители не будет изменена.

Таким образом, Вам следует совершить ряд действий по правильному увольнению с предприятия. 

1. Созыв по инициативе директора общего собрания участников с повесткой дня «Уведомление о планируемом увольнении руководителя общества» (в соответствии по статьей 35 Закона «Об обществах с ограниченной ответственностью»).

2. В случае успешного созыва собрания и наличия на нем кворума — созыв через один месяц по инициативе директора общего собрания участников с повесткой дня «Передача дел».

3. В случае неявки участников на первое общее собрание или отсутствия на нем кворума:
а) отправка директором по почте заявлений об увольнении по собственному желанию каждому из участников ООО;

б) сдача остатка наличных денежных средств из кассы предприятия в банк для зачисления на расчетный счет;
в) уплата налогов, страховых взносов во внебюджетные фонды, погашение задолженностей перед кредиторами;
г) закрытие счетов ООО в банках (во избежание возможности совершения финансовых операций на основании платежных документов с «подписью» директора после его увольнения), либо уведомление банков, в которых у ООО открыты счета, об увольнении директора и запрет на прием платежных документов с его подписью после даты увольнения.
4. По истечении месяца с момента отправки участникам писем с заявлением об увольнении увольняющийся директор:
а) составляет опись документов организации, упаковывает их и опечатывает;
б) издает приказ о том, что до момента востребования обществом документы и печать ООО будут находится у него на ответственном хранении;
в) издает приказ о своем увольнении (в соответствии со статьей 84.1 ТК РФ);
г) вносит запись об увольнении в свою трудовую книжку (в соответствии с пунктом 45 «Правил ведения и хранения трудовых книжек, изготовления бланков трудовой книжки и обеспечения ими работодателей», утвержденных Постановлением Правительства РФ от 16.04.2003 No 225);
д) герметично упаковывает печать ООО (например, заклеивает в конверт, расписывается на линии склейки, просит расписаться таким же образом нескольких свидетелей), чтобы в будущем избежать обвинений в незаконном использовании печати после увольнения;
е) доставляет документацию и печать ООО в место хранения;
ж) заверяет у нотариуса заявление, которым подтверждает факт увольнения и прием на ответственное хранение документации и печати ООО;
з) извещает по почте всех участников ООО о состоявшемся увольнении и о месте хранения документов и печати, приложив к письму копии подтверждающих документов.

В отношении Вашего вопроса об ответственности — займ общества, это займ именно общества. Привлечь руководителя к ответственности можно, но его вину необходимо доказать в судебном порядке. При описанной Вами ситуации такой исход мало вероятен. 

Удачи Вам в решение возникшей ситуации. 

Ответственность статья 315 УК РФ либо 177 УК РФ(до 2 лет )