При оформлении банкротства, заберут ли эту квартиру, если оно единственное жилье?

Уточнитесь пожалуйста, что такое «коммерческий займ»? Может быть это ипотека? 

Тем не менее (если ипотека), обращение залогодержателем взыскания на заложенные жилой дом или квартиру и реализация этого имущества являются основанием для прекращения права пользования ими залогодателя и любых иных лиц, проживающих в таких жилом доме или квартире, при условии, что такие жилой дом или квартира были заложены по договору об ипотеке либо по ипотеке в силу закона в обеспечение возврата кредита или целевого займа, предоставленных банком или иной кредитной организацией либо другим юридическим лицом на приобретение или строительство таких или иных жилого дома или квартиры, их капитальный ремонт или иное неотделимое улучшение, а также на погашение ранее предоставленных кредита или займа на приобретение или строительство жилого дома или квартиры (ст. 78, Федеральный закон от 16 июля 1998 г. N 102-ФЗ «Об ипотеке (залоге недвижимости)»

Тое есть, если квартира заложена по договору об ипотеке либо по ипотеке в силу закона в обеспечение возврата кредита или целевого займа, предоставленных банком или иной кредитной организацией либо другим юридическим лицом на приобретение или строительство таких или иных жилого дома или квартиры, то на нее может быть обращено взыскание, даже если это жилье единственное. 

После этого, жилой дом или квартира, которые заложены по договору об ипотеке и на которые обращено взыскание, реализуются путем продажи с торгов, проводимых в форме открытого аукциона или конкурса.

Помимо этого будет производится освобождение таких жилого дома или квартиры  от проживающих в них в порядке, установленном федеральным законом.

Вам нужно решить вопрос с оплатой в порядке установленном законом и договором, и тогда жилье останется у Вас.