Учтут ли доход самозанятого при подачи документов на пособие?

Зависит от пособия, скорее всего учтут- это ваша работа и доход. 

нужно документ регламентирующий выплату пособия перечитать. 

а так же обратите внимание, за какой период будут браться доходы, возможно у вас в тот период не было дохода или самозанятости 

а вот пенсия не по всем пособиям учитывается в качестве дохода, зависит от пособия

пособие от 0до 17 «единое пособие»

— расчетный период для единого пособия — это 12 месяцев, предшествующие одному месяцу до месяца обращения.

Какие доходы учитываются при оценке нуждаемости
По федеральным правилам перечень такой:

Зарплата, премии, денежное довольствие, оплата услуг — до вычета налогов.
Пенсии и пособия.
Стипендии и выплаты в академическом отпуске по медпоказаниям.
Полученные алименты.
Выплата правопреемникам по пенсионному страхованию.
Дивиденды и проценты по операциям с ценными бумагами и производными финансовыми инструментами — за вычетом расходов.
Проценты по вкладам в банках.
Компенсации за государственные и общественные обязанности.
Доходы от бизнеса — за вычетом расходов и целевых грантов.
Доходы от продажи и аренды имущества.
Доходы по договорам авторского заказа.
Доходы от самозанятости и патента — без вычета расходов.
Пожизненное содержание судей в отставке.
Единовременное пособие при увольнении с военной службы.
Доходы от источников за границей.
Доходы от выигрышей в лотереях и тотализаторах.
Доходы учитываются до вычета налогов. Доходы в валюте пересчитываются в рубли по курсу ЦБ на день получения.

так же в законе есть список доходов который не будет учитываться