Вопрос: проводились проверки, декларации принимались, как так?

Здравствуйте, Татьяна. Подобные ситуации уже случались с налогоплательщиками. Это ошибка налоговой.

Да, налоговики могут требовать с вас возврата денежных средств. Как указал Конституционный суд в Постановлении от 24 марта 2017 года N 9-П у налогового органа есть

возможность взыскания с налогоплательщика денежных средств, полученных им вследствие неправомерно (ошибочно) предоставленного по решению налогового органа имущественного налогового вычета по налогу на доходы физических лиц, в порядке возврата неосновательного обогащения в случае, если эта мера оказывается единственно возможным способом защиты фискальных интересов государства;

При этом

соответствующее требование может быть заявлено — в случае, если предоставление имущественного налогового вычета было обусловлено ошибкой самого налогового органа, — в течение трех лет с момента принятия ошибочного решения о предоставлении имущественного налогового вычета. 

Так полагаю, что за какие-то годы переплату придётся вернуть, а за 2018 год возможно ими уже пропущен трёхлетний срок для возврата.