И если да, необходимо ли заключать трехсторонний договор или с Заказчиком и субподрядчиком отдельные договора можно?

Здравствуйте, из Вашего вопроса я так понимаю Вы подрядчик (ген.подрядчик), можете ли Вы привлекать для выполнения работ субподрядчика или нет и как это оформить зависит от условий договора подряда между Вами и ООО. Если в договоре прописано, что для выполнения работ по договору Вы вправе привлекать третьих лиц без согласование с заказчиком, то Вы можете заключить уже договор субподряда с двумя сторонами (Вы и Ваш субподрядчик), если в договоре подряда указано, что привлечение субподрядчика согласовывается с заказчиком, то перед заключением договора требуется оформить согласие заказчика в предусмотренной договором форме. Также в договоре возможно наличие запрета для привлечения субподрядчика Вами, в этом случае Вы не вправе его привлекать, только если заключите доп.соглашение с Заказчиком к договору изменяющее данное положение договора.