Анна, добрый день.
В соответствии с п. 3 ст. 346.28 НК РФ (ныне утратил силу в связи отменой с 2021 г ЕНВД) организации, реившие перейти на ЕНВД, подают в налоговый орган в течение 5 дней со дня начала ее применения заявление о постановке на учет. Дата постаноки на учет и считается датой начала применения ЕНВД.
До смены адреса Вы такое заявление наверняка подавали.
Имеется вот такое старенькое разъяснение Минфина, данное им в Письме от 16.08.2012 N 03-11-06/3/60
В случае открытия налогоплательщиком, осуществляющим предпринимательскую деятельность в виде розничной торговли, в муниципальном образовании по месту его постановки на налоговый учет в качестве налогоплательщика единого налога на вмененный доход новых торговых мест заявление о постановке на учет в налоговом органе по месту их нахождения подавать не следует.
Вместе с тем сообщаем, что создание организацией обособленного подразделения является самостоятельным основанием постановки организации на учет в налоговом органе по месту нахождения каждого обособленного подразделения.
То есть, по смыслу Письма, если сменился адрес торговой точки в пределах муниципального образования по месту постановки на учет, то уведомление подавать и не нужно было, за исключением если это не обособленное подразделение. В качестве доводов возможно апеллироать и тем, что
стали сдавать декларации по ЕНВД
налоговый орган принимал их, претензий не имелось.
Смена места нахождения организации не имеет к вопросу никакого отношения, как и приведенные Вами нормы Федерального закона № 129-ФЗ «О государственной регистрации юридических лиц и индивидуальных предпринимателей», речь в вопросе о правомерности начисления НДС и налога на прибыль.