Здравствуйте, Арман!
Согласно указу Президента от 31 декабря 2005 г «О реестре должностей федеральной государственной гражданской службы» директор ФГБУ не является государственным служащим (отсутствует в реестре).
Ограничения по занятию предпринимательской деятельностью касаются государственных служащих.
Соответственно, Вы можете одновременно быть директором ФГБУ и открыть ИП.
Уведомлять должны своë руководство только в случае заинтересованности в заключении сделок между ИП и ФГБУ.
Если мой ответ был полезен, прошу поставить отметку.