Эльвира, добрый вечер!
Вам верно сказали, нужно выехать из России на 90 суток. И поскольку был суд, то уже не просто просрочка срока постановки на учет по месту пребывания была, но и просрочка срока пребывания в России.
Согласно п. 1 ст. 5 Федерального закона от 25.07.2002 N 115-ФЗ «О правовом положении иностранных граждан в Российской Федерации»
Срок временного пребывания в Российской Федерации иностранного гражданина, прибывшего в Российскую Федерацию в порядке, не требующем получения визы, не может превышать девяносто суток суммарно в течение каждого периода в сто восемьдесят суток, за исключением случаев, предусмотренных настоящим Федеральным законом,
Это общее требование Закона. Есть основания для более продолжительного пребывания в РФ. И судя по всему, супруг таким основанием не воспользовался.
Теперь ему следует выехать и вернуться в РФ по истечении 90 суток.
После въезда в РФ сможет остаться в РФ на основании того, что Вы гражданка РФ. Ежегодно нужно будет обращаться в УВМ МВД для продления пребывания.
После того как он вьедит, он вправе зарегистрироваться сразу на год на основании супруги гражданки РФ