При оформлении трудоустройства через заключение трудового договора по правилам ТК РФ, в т.ч. с дистанционным условием работы, работник получает все гарантии, предусмотренные ТК РФ, а также по его заработной плате работодатель отчисляет взносы в фонды, делает отчисление по НДФЛ.
Работнику по трудовому договору в случае его болезни оплачивается больничый лист, идут отчисления в ПФР.
Работник также имеет право на возврат оплаченного НДФЛ (например, при покупке недвижимости в кредит — если не использовал это право, право на возврат НДФЛ за лечение, др.).
При оформлении только самозанятости (без трудового договора) льготы по ТК РФ для работника не предусмотрены.
Отсутствуют отчисления в фонды, в т.ч. ФСС, ПФР, нет оплаты больничного листа. Т.к. не отчисляется НДФЛ, нет возможности оформления вычета.
Также самозанятый обязан самостоятельно декларировать свои доходы и оплачивать спец.налог (4% от доходов от физ.лиц и 6% с доходов от юр.лиц).
При этом сам статус самозанятого не препятствует также тому, чтобы гражданин работал по трудовому договору.