Или как ЗП сотруднику со всеми вытекающими налогами и взносами?

Я дополняю свой ответ:

Если Организация заключает договор с управляющей компанией на оказание услуг проживания в апартаментах для своих сотрудников, то это будет рассматриваться как расходы компании. 

Расходы будут учитываться в бухгалтерском учете Организации в соответствии с ее внутренними правилами и нормативами учета расходов. Данные расходы можно отнести на затраты в виде вспомогательных расходов.

Если Организация будет оплачивать услуги проживания в апартаментах за своих сотрудников, то расходы будут учитываться не как часть ЗП сотруднику со всеми вытекающими налогами и взносами?

По данному вопросу имеется позиция Арбитражного суда Северо-Западного округа в постановлении ФАС СЗО от 02.11.2007 по делу № А56-47663/2006.

Арендные платежи по лизингу и расходы на переезд работников являются расходами на производство и реализацию в соответствии со статьями 264 НК РФ и 169 ТК РФ. Однако, список расходов, учет которых при расчете налоговой базы по налогу на прибыль организаций возможен на основании статьи 255 НК РФ, не является закрытым, как подтверждается в письмах Минфина от 17.12.2015 № 03-03-06/4/74236 и постановлении ФАС ЦО от 29.09.2010 по делу № А23-5464/2009А-14-233. При этом, расходы на оплату жилья могут быть учтены только в случае, если они являются формой оплаты труда, установленной в трудовом договоре, как это указано в письмах Минфина от 17.07.2015 № 03-08-05/41253 и от 19.05.2015 № 03-03-06/28809. Расходы на аренду жилья для работников, носящие социальный характер, не могут быть учтены при расчете налоговой базы, вне зависимости от того, предусмотрены они в трудовых договорах или нет, согласно пункту 29 статьи 270 НК РФ.В любом случае, необходимо учитывать все налоговые и правовые аспекты при оформлении документов и расчете расходов.

С уважением.