Заявление на перерасчет зп нужно подавать и кому, если у нас централизованная система?

Здравствуйте, Антонина!

В вашем трудовом договоре указан работодатель, именно с ним Вы находитесь в трудовых отношениях, а не с какой-то «централизованной системой».

Заявление о том, что Вы получили соответствующий уровень образования, с приложением копии диплома и предъявлением его оригинала Вам надо подать своему работодателю тем порядком, который установлен в организации.

Этот порядок либо прописан в локальных актах (например, Правилах внутреннего трудового распорядка), либо сложился фактически. Как у Вас принято подавать любые заявления, так и подавайте. 

Если у Вас еще остались вопросы, Вы можете задать их мне в рамках индивидуальной платной консультации в чате (стоимость и время консультации согласовываются там же).