Можно ли снять человека с учета, если в паспорте есть печать о выписке, но МФЦ его не убрал?

Если человек не приходит лично в МФЦ, то вам только через суд выписывать остальных. Иных вариантов нет у вас. Сами вы его через МФЦ выписать не сможете. 

Напишите иск о признании лиц прекратившими право пользования по вашей квартире, приложите выписку из ЕГРН, выписку из домовой книги и просите суд рассмотреть дело в ваше отсутствие. 

Статья 209 ГК. Содержание права собственности

1. Собственнику принадлежат права владения, пользования и распоряжения своим имуществом.
2. Собственник вправе по своему усмотрению совершать в отношении принадлежащего ему имущества любые действия, не противоречащие закону и иным правовым актам и не нарушающие права и охраняемые законом интересы других лиц, 

Статья 304. Защита прав собственника от нарушений, не связанных с лишением владения

Собственник может требовать устранения всяких нарушений его права, хотя бы эти нарушения и не были соединены с лишением владения.

      Добрый день, Даниил! Согласен с коллегой. В соответствии с пунктом 1 статьи 35 Жилищного кодекса РФ выписать человека из квартиры без его согласия можно только через суд. В данной связи, если человек отказывается выписываться или просто это игнорирует, то Вам необходимо обратиться в районный суд по месту нахождения квартиры, подать исковое заявление и на основании решения суда выписать человека.
      В случае, если у Вас остались какие — то правовые вопросы или Вам требуется правовая помощь, пишите в личный чат. 
      С уважением, кандидат юридических наук Алексей Валерьевич Колотилин