И на месте ямы с водой проложить трубу?

Олег, добрый день! По общему правилу обременение земельного участка сервитутом, публичным сервитутом не лишает правообладателя такого земельного участка прав владения, пользования и (или) распоряжения таким земельным участком.

Деятельность, для обеспечения которой устанавливаются сервитут, публичный сервитут, может осуществляться на земельном участке независимо от его целевого назначения и разрешенного использования, за исключением случаев, если осуществление данной деятельности не допускается в границах определенных зон, земель и территорий в соответствии с их режимом.

При этом необходимо проанализировать упомянутое Вами соглашение, которое должно содержать Ваши права и обязанности (условия для согласования производства какого-либо работ на участке, обремененном сервитутом) как лица, в интересах которого установлен сервитут, осуществлять деятельность, в целях обеспечения которой установлен сервитут.

Если ответ оказался Вам  полезным просьба оценить. 

Желаю успешного разрешения Вашего вопроса.