Подскажите, как можно действовать в этой ситуации и есть ли у меня какие-то права?

Здравствуйте, ситуация сложная и не однозначная. За то что Вы самостоятельно взяли денежные средства работодателя Вам сомой может грозить уголовная ответственность по ст. 160.УК РФ присвоение или растрата, то есть хищение чужого имущества, вверенного виновному, — наказываются штрафом в размере до ста двадцати тысяч рублей или в размере заработной платы или иного дохода осужденного за период до одного года, либо обязательными работами на срок до двухсот сорока часов, либо исправительными работами на срок до шести месяцев, либо ограничением свободы на срок до двух лет, либо принудительными работами на срок до двух лет, либо лишением свободы на тот же срок. Предлагаю Вам этот вопрос решить с работодателем и найти консенсус. Не забудьте поставить плюс в комментариях. 

Валерия, добрый день. 

Лучшим вариантом будет самостоятельно с заработной платы или иных средств возместить вред, о чем договориться с работодателем. 

Удержать с заработной платы работодатель сумму вреда не может, так как случаи удержания ограничены к ним, на основании части 2 статьи 137 Трудового кодекса РФ, относятся удержания:

— для возмещения неотработанного аванса, выданного работнику в счет заработной платы;

— для погашения неизрасходованного и своевременно не возвращенного аванса, выданного в связи со служебной командировкой или переводом на другую работу в другую местность, а также в других случаях;

  — для возврата сумм, излишне выплаченных работнику вследствие счетных ошибок, а также сумм, излишне выплаченных работнику.

В случае если преступника удастся задержать Вы имеете право заявить гражданский иск как потерпевшая от преступления, с целью возместить средства выплаченные работодателю. (статья 44 Уголовно-процессуального кодекса РФ)